Untuk menjalankan program Muhammadiyah maka pimpinan Muhammadiyah membentuk unsur pembantu pimpinan sesuai SK PP No. 244/KEP/I.0/B/2010.
A. Majelis
- Majelis Tarjih dan Tajdid
- Majelis Tabligh
- Majelis Pendidikan Tinggi
- Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah
- Majelis Pendidikan Kader
- Majelis Pelayanan Umum
- Majelis Pelayanan Sosial
- Majelis Ekonomi dan Kewirausahaan
- Majelis Wakaf dan Kehartabendaan
- Majelis Pemberdayaan Masyarakat
- Majelis Hukum dan HAM
- Majelis Lingkungan Hidup
- Majelis Pustaka dan Informasi
B. Lembaga
- Lembaga Pengembangan Cabang dan Ranting
- Lembaga Pembina dan Pengawas Keuangan
- Lembaga Penelitian dan Pengembangan
- Lembaga Penanggulangan Bencana
- Lembaga Zakat, Infaq, dan Shadaqah
- Lembaga Hikmah dan Kebijakan Publik
- Lembaga Seni Budaya dan Olahraga
- Lembaga Hubungan dan Kerjasama Internasional
- Lembaga Dakwah Khusus
- Lembaga Pengembangan Pondok Pesantren
Dalam SK tersebut juga ditetapkan hal sebagai berikut:
- Majelis, berkedudukan di tingkat pusat, wilayah, daerah dan cabang yag dibentuk sesuai dengan ketentuan dan peraturan yang berlaku.
- Khusus majelis pendidikan tinggi, pada tingkat wilayah dibentuk oleh Pimpinan Wilayah sesuai dengan ketentuan dan peraturan yang berlaku atas persetujuan Pimpinan Pusat.
- Lembaga, berkedudukan di tingkat pusat dan dibentuk oleh Pimpinan Pusat. Apabila dipandang perlu, Pimpinan Wilayah dan Pimpinan Daerah dapat membentuk lembaga dengan persetujuan Pimpinan Perserikatan setingkat di atasnya.
- Khusus Lembaga Pengembangan Cabang dan Ranting, harus dibentuk di tingkat Wilayah dan Daerah karena melekat dengan fungsi organisasi/perserikatan dan revitalisasi Cabang dan Ranting Muhammadiyah.
- Pimpinan Perserikatan pada tingkat wilayah, daerah, dan cabang agar menyesuaikan nomenklatur pembantu pimpinan yang dibentuk sesuai dengan nomenklatur yang ditetapkan.